SEANEO intervient dans le cadre de projets de restauration, de gestion, de protection des zones côtières (récifs artificiels) et d’aires marines protégées (réserve naturelle, parc naturel marin, site Natura 2000), au niveau d’estuaires, de lagunes et de milieux variés (littoral, marin, tropical), en France et à l'international. SEANEO accompagne les maîtres d’ouvrage, élabore des recommandations d’aménagement au regard des contraintes socio-économiques, techniques, juridiques et environnementales, notamment vis-à-vis d’habitats et d’espèces protégés, et préconise la mise en œuvre de mesures d’évitement, de réduction, de compensation, de suivi et d’accompagnement.