L’Observatoire de la biodiversité des Hauts-de-France est porté par le Comité de pilotage de l'Agence régionale de la Biodiversité (ARB HdF). Ses orientations de travail sont donc déterminées par le comité de pilotage de l'ARB, constitué des porteurs institutionnels de politiques publiques en matière de biodiversité à l’échelle régionale : DREAL Hauts-de-France, Région Hauts-de-France, Office français de la biodiversité, Agence de l'eau Artois-Picardie et Agence de l’eau Seine-Normandie.