Le Conapped est l’interlocuteur des pouvoirs publics au niveau national : ministères de de la Transition écologique et solidaire, de l’Agriculture, Office français de la biodiversité (OFB), France Agrimer. Il assure un suivi des dossiers dans les instances nationales telles que le Comité national de l’eau (avec ses commissions de suivi hydrologique et pêche, cette dernière donnant les avis sur les modifications de la réglementation de la pêche en eau douce), le Comité national PCB, le Comité national anguille, le Comité national de la biodiversité,…), contribue au Conseil spécialisé pour les produits de la mer, de l’aquaculture et de la pêche professionnelle en eau douce.