L'EPAB est un syndicat mixte et un Établissement Public Territorial de Bassin (EPTB), structure porteuse du SAGE de la baie de Douarnenez. Son action vise à préserver et restaurer les milieux aquatiques et la biodiversité associée, à travers la gestion des zones humides, la restauration de la continuité écologique des cours d'eau, la préservation du bocage et la lutte contre les pollutions diffuses responsables notamment des marées vertes. L'établissement développe également des actions en faveur des trames vertes et bleues et accompagne les acteurs du territoire dans l'évolution de leurs pratiques pour améliorer la qualité des écosystèmes.