Le parcours PEnGé forme des étudiants dans les domaines de la filière de l'Ingénierie Ecologique (gestion et de restauration du bon fonctionnement des écosystèmes, suivi de ces réalisations, gestion d’écosystèmes naturels ou anthropiques, préservation de la biodiversité dans les projets d'infrastructures, la dépollution des sols et des eaux, phytoréhabilitation, etc.). Ces étudiants vont acquérir les solides compétences en Biologie Végétale (de la molécule à l’environnement) auxquelles vont s’ajouter des connaissances et compétences en Ecologie végétale fondamentale et appliquée ainsi que des compétences indispensables à leur insertion professionnelles : en gestion de projet, droit de l’environnement, gestion des écosystèmes, mise en place de mesures de gestion et de restauration, mise en place de techniques du génie végétal et suivis des écosystèmes.
La possibilité d'effectuer la deuxième année de master (M2) en apprentissage ou en contrat de professionalisation permet aux futurs diplômés de présenter une expérience « de terrain » d’une année entière et d’être immédiatement employables dans les structures et entreprises de la filière Génie Ecologique.
Enfin, le statut d’apprentis permet à des entreprises travaillant de domaine de l'ingénierie écologique ou à des laboratoires en écologie de travailler avec un apprenti sur une période de 1 an plus compatible avec les impératifs de la filière qu’un stage de 5 mois dans une formation classique.