Cet établissement public de coopération environnementale remplit une mission de service public confiée par l’Etat et fait partie du réseau des Conservatoires botaniques nationaux, répartis sur l’ensemble du territoire français (Métropole et Outre-mer). Pilotée par un Conseil d’administration constitué de personnes morales uniquement, l’établissement bénéficie d’un agrément ministériel qui s’étend sur l'ensemble de la Bourgogne-Franche-Comté (voir Territoire d'agrément).